Existují dva typy fluorescenčních mikroskopů na základě jejich optické dráhy:
1. Transmisní fluorescenční mikroskop: Zdroj excitačního světla prochází materiálem vzorku přes kondenzátor, aby excitoval fluorescenci. Běžně používané sběrače světla v tmavém poli nebo obyčejné sběrače světla lze použít k nastavení reflektoru pro převod excitačního světla a bočního světla na vzorek. Jedná se o poměrně staromódní fluorescenční mikroskop. Jeho výhodou je, že fluorescence je silná při malém zvětšení, naopak nevýhodou je, že fluorescence s rostoucím zvětšením slábne. Proto je lepší pro pozorování větších vzorků materiálů.
2. Fluorescenční mikroskop s dopadajícím paprskem Jedná se o nový typ fluorescenčního mikroskopu vyvinutý v moderní době. Na rozdíl od předchozího dopadá excitační světlo z čočky objektivu na povrch preparátu za použití stejné čočky objektivu jako osvětlovací kondenzor a čočka objektivu pro sběr fluorescence. K optické dráze, která je v úhlu 45 stupňů vůči lehkému uranu, je třeba přidat dvoubarevný oddělovač paprsků. Budící světlo se odráží do čočky objektivu a soustředí se na vzorek. Fluorescence generovaná vzorkem, stejně jako excitační světlo odražené od povrchu čočky objektivu a krycího skla, vstupuje současně do čočky objektivu a vrací se do separátoru dichroického paprsku, kde se odděluje excitace a fluorescence. Zbytkové buzení je pak absorbováno blokovacím filtrem. Pokud se použijí různé kombinace excitačních filtrů/separátorů dvoubarevného paprsku/blokovacího filtru, mohou splňovat potřeby různých produktů fluorescenční reakce. Výhodou tohoto fluorescenčního mikroskopu je, že osvětlení zorného pole je rovnoměrné, zobrazení je čisté a čím větší zvětšení, tím silnější fluorescence.
（2） Použití fluorescenčního mikroskopu
1. Zapněte zdroj světla a ultravysokotlaká rtuťová výbojka se musí na několik minut předehřát, aby dosáhla svého maxima.
2. Transmisní fluorescenční mikroskop vyžaduje instalaci požadovaného excitačního filtru mezi zdroj lampy a kondenzor a instalaci odpovídajícího blokovacího filtru za čočkou objektivu. Fluorescenční mikroskop s dopadajícím paprskem potřebuje vložit požadovaný excitační filtr/dvoubarevný separátor paprsku/blokovací filtrový blok do štěrbiny optické dráhy.
3. Pozorujte mikroskopem s nízkým výkonem a upravte střed světelného zdroje podle seřizovacích zařízení různých modelů fluorescenčních mikroskopů tak, aby se nacházel ve středu celého osvětlovacího bodu.
4. Umístěte řezy vzorku a zaostřete je, abyste mohli pozorovat. Během používání je třeba poznamenat, že konečný filtr by neměl být přímo pozorován očima, aby nedošlo k poškození zraku; Při pozorování vzorků olejovým mikroskopem je nutné použít speciální nefluorescenční olejový mikroskop; Po vypnutí vysokotlaké rtuťové výbojky ji nelze okamžitě znovu zapnout. Opětovné spuštění musí trvat 5 minut, jinak bude nestabilní a ovlivní životnost rtuťové výbojky.
（3） Pozorováním pod fluorescenčním mikroskopem na výukové platformě s použitím filtru modrého fialového světla lze vidět, že buňky obarvené fluorescenčním barvivem 0,01 procenta akridinově oranžové, jádro a cytoplazma jsou stimulovány k produkci dvou různých barvy fluorescence (tmavě zelená a oranžová červená).
