Výhody laserové skenovací multifotonové mikroskopie jsou vylepšeny
Laser Scanning Multi-Photon Microscope je velkým vylepšením optické mikroskopie, především ve schopnosti pozorovat hlubokou strukturu živých i fixovaných buněk a tkání a získat jasné a ostré vícevrstvé struktury v Z-rovině, tj. optické řezy, ze kterých lze zkonstruovat trojrozměrnou pevnou strukturu vzorku. Konfokální mikroskopie využívá zdroj laserového světla, který je rozšířen tak, aby vyplnil celou zadní ohniskovou rovinu čočky objektivu, a poté prochází čočkovým systémem čočky objektivu, aby se sblížil do velmi malých bodů v ohniskové rovině preparátu. V závislosti na numerické apertuře čočky objektivu je velikost průměru bodu jasného osvětlení asi 0,25 ~ 0,8 μm a hloubka asi 0,5 ~ 1,5 μm. Velikost konfokálního bodu je dána konstrukcí mikroskopu, vlnovou délkou laseru, charakteristikou čočky objektivu, stavovým nastavením snímací jednotky a povahou preparátu. Polní mikroskopy mají velký rozsah osvětlení a hloubku osvětlení, zatímco konfokální mikroskopy koncentrují osvětlení do jediného ohniska v ohniskové rovině. Nejzákladnější výhodou konfokálního mikroskopu je schopnost vytvářet jemné optické řezy silnými fluorescenčními vzorky (až 50 μm nebo více), s tloušťkou řezů asi 0,5 až 1,5 μm. Sérii obrazů optických řezů lze získat pohybem preparátu nahoru a dolů pomocí krokového motoru v ose Z mikroskopu. Získávání obrazové informace je řízeno v první rovině a není rušeno signály vysílanými z jiných míst na vzorku. Po odstranění efektů fluorescence pozadí a zvýšení poměru signálu k šumu se kontrast a rozlišení konfokálního obrazu výrazně zlepší oproti běžným fluorescenčním snímkům osvětleným polem. V mnoha exemplářích se mnoho složitých strukturních komponent proplétá a vytváří složité systémy, ale jakmile se podaří získat dostatek optických řezů, můžeme je pomocí softwaru rekonstruovat ve třech rozměrech. Tato experimentální metoda byla široce používána v biologickém výzkumu k objasnění složitých strukturních a funkčních vztahů mezi buňkami nebo tkáněmi.
