V roce 846 otevřel Carl Zeiss malou dílnu na výrobu přesných optických přístrojů na ulici Neugasse 7 v Jeně.
V roce 1866 byl prodán 1000. mikroskop. Pan ErnstAbbe se připojil ke společnosti pana Zeisse a založil mikroskopickou technologii Zeiss na vědeckém základě.
1884-1891: Založena "Sklárna Schott & Gemossen" v Jeně, Carl Zeiss zemřel v roce 1888, byla založena Nadace Carl Zeiss.
V roce 1900 se s pomocí pana Augusta Köhlera začala malá dílna pana Zeisse globálně rozšiřovat a také položila pevný základ pro fluorescenční mikroskopii.
V roce 1936 byl ve spolupráci s panem Fritsem Zernikem představen první fázově kontrastní mikroskop pro analýzu živých buněk. Pan Frits Zernike získal v roce 1953 Nobelovu cenu za fyziku.
1949, Ekonomický zázrak a elektronický věk: Komercializace transmisní elektronové mikroskopie ve spolupráci s AEG Corporation.
V roce 1989 byl stupeň digitalizace stále vyšší a vyšší a mikroskop se stal pracovní stanicí pro zpracování obrazu. Rychle vyvinutá softwarová technologie a digitální fotoaparát rozšířily aplikační pole mikroskopu.
V roce 2000 technologie řízení provozu pomohla technologii zobrazování a mikroskop se stal automatizovaným systémem zobrazování obrazu.