1. Různé zdroje osvětlení
Zdrojem osvětlení použitým v mikroskopu je tok elektronů emitovaný elektronovým dělem a zdrojem osvětlení optického mikroskopu je viditelné světlo (sluneční světlo nebo světlo). Protože vlnová délka dílčího toku je mnohem kratší než vlnová délka světelné vlny, je zvětšení a rozlišení elektronového mikroskopu výrazně vyšší než u světelného zrcadla. .
2. Různé čočky
Čočka objektivu, která se v elektronovém mikroskopu zvětšuje, je elektromagnetická čočka (elektromagnetická cívka ve tvaru prstence, která může generovat magnetické pole ve středu) a čočka objektivu optického mikroskopu je optická čočka vyrobená ze skla. V elektronových mikroskopech existují tři skupiny elektromagnetických čoček, které jsou ekvivalentní funkcím kondenzorového objektivu a okuláru v optických mikroskopech.
3. Různé principy zobrazování
V elektronovém mikroskopu je elektronový paprsek působící na zkoumaný vzorek zvětšen elektromagnetickou čočkou a poté dopadá na fluorescenční stínítko pro zobrazení nebo působí na fotocitlivý film pro zobrazení. Mechanismus rozdílu v hustotě elektronů spočívá v tom, že když elektronový paprsek působí na testovaný vzorek, dopadající elektrony se srazí s atomy látky za vzniku rozptylu a různé části vzorku mají různé stupně rozptylu elektronů, takže elektronový obraz vzorku je prezentován v odstínech. Objektový obraz vzorku v optickém mikroskopu je prezentován s rozdílem jasu, který je způsoben rozdílem v množství světla absorbovaného různými strukturami vzorku.
4. Rozlišení
Kvůli interferenci a difrakci světla může být rozlišení optických mikroskopů omezeno pouze na 02-05um. Protože elektronové mikroskopy využívají jako světelné zdroje elektronové paprsky, může rychlost selhání dosahovat mezi 1 a 3 nm. Pozorování tkání optickými mikroskopy proto patří do analýzy na mikronové úrovni a pozorování tkání pomocí elektronových mikroskopů patří do analýzy na nanoúrovni.
5. Hloubka ostrosti
Obecně se hloubka pole optického mikroskopu pohybuje mezi 2-3um, takže hladkost povrchu vzorku je extrémně náročná, takže proces přípravy vzorku je poměrně komplikovaný. Duch SEM může dosahovat až několika metrů, takže není vyžadována hladkost geometrie povrchu vzorku, příprava vzorku je relativně jednoduchá a některé geometrie vzorku nevyžadují přípravu vzorku. Stereo mikroskopy mají poměrně velkou hloubku ostrosti, ale jejich rozlišení je velmi nízké.
6. Používají se různé metody přípravy vzorků
Postup přípravy tkáňových a buněčných vzorků používaných pro submikroskopické pozorování je složitý, s vysokou technickou náročností a cenou. V krocích odběru vzorků, fixace, dehydratace a zalití jsou vyžadována speciální činidla a operace. Nakonec je třeba vložené tkáňové bloky vložit do ultramikrotomu a nařezat na ultratenké vzorky o tloušťce 50 ~ 100 nm. Vzorky pozorované světelnou mikroskopií se obecně umísťují na podložní sklíčka, jako jsou běžné vzorky tkáňových řezů, vzorky buněčného nátěru, vzorky lisované do tkáně a vzorky buněčných kapek.
7. Zvětšení
Efektivní zvětšení optického mikroskopu je 1000X. Efektivní zvětšení dobrého elektrického mikroskopu může dosáhnout 1000 000x.